Die kulturelle Zusammenarbeit zwischen Kenia und Deutschland konzentriert sich vor allem auf Stipendien, wissenschaftliche Zusammenarbeit und Sportförderung. Der Deutsche Akademische Austauschdienst (DAAD), eine Organisation der Hochschulen und Studentenvertretungen in Deutschland, fördert den internationalen Studentenaustausch. Darüber hinaus fördert er die Verbreitung fremder Kulturen und Bildungspolitik sowie die Zusammenarbeit mit Entwicklungsländern im Bereich Bildung. Das Regionalbüro des DAAD in Nairobi wurde 1973 gegründet und verhilft kenianischen Studenten verschiedener Disziplinen zu einem Aufenthalt an einer Deutschen Universität, vor allem zur Vorbereitung ihrer Dissertationen. Dank dem DAAD können jedes Jahr ca. 80 Studenten und Hochschulabgänger nach Deutschland reisen.

Das Goethe-Institut in Nairobi organisiert und fördert eine ganze Reihe kultureller Veranstaltungen, um die kulturelle Verbindung zwischen Kenia und Deutschland zu fördern und zu stärken. Hauptaugenmerk liegt hierbei auf der visuellen Kunst und zeitgenössischer Kultur in Deutschland und Kenia. Diese Veranstaltungen sind für gewöhnlich auch der Öffentlichkeit zugänglich.

Seit Januar 1988 wird an 32 Grundschulen in Kenia Deutsch unterrichtet. Die Deutsche Schule in Nairobi bietet ebenfalls Deutschunterricht bis zum Abitur an und unterstützt deutschsprachige, in Ostafrika lebende Fachleute wie Missionare und Geschäftsleute.